Έρευνα του Συνηγόρου του Πολίτη, η οποία απεστάλη στην υφυπουργό Πρόνοιας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης, Δόμνα Μιχαηλίδου, αναδεικνύει σωρεία προβλημάτων στη λειτουργία της Κιβωτού του Κόσμου, με σοβαρές συνακόλουθες παραβιάσεις δικαιωμάτων των παιδιών που φιλοξενούνταν στις δομές της.
Στο πόρισμα αναφέρεται ακόμα ότι ο ιδρυτής της Κιβωτού του Κόσμου, π. Αντώνιος, μολονότι δεν συμμετείχε στο Διοικητικό Συμβούλιο, είχε πρωταρχικό ρόλο στη λειτουργία της οργάνωσης και στη λήψη αποφάσεων σε όλους τους τομείς, ενώ σε έγγραφα χαρακτηρίζεται ως «πνευματικός πατέρας» των παιδιών και «το πιο σημαντικό πρόσωπο αναφοράς» για αυτά. Κατά συνέπεια, το μοντέλο λειτουργίας της οργάνωσης, το οποίο βασίζονταν στην κρίση και τις απόψεις του για την διαπαιδαγώγηση και εν γένει μεταχείριση των παιδιών, όπως διαφάνηκε από την έρευνα, δεν επιδέχονταν κριτικής ή αμφισβήτησης και εφαρμόζονταν σε όλα τα Παραρτήματα, υπό την εποπτεία μιας ομάδας στενών συνεργατών του, κάποιοι εκ των οποίων συμμετείχαν και στην διοίκηση.
Όπως επισημαίνει ο Συνήγορος του Πολίτη, βασικό πρόβλημα αποτελεί το γεγονός ότι υπήρξε απουσία ελέγχου λόγω του κύρους και της ευρείας κοινωνικής αποδοχής που περιέβαλλαν την δημόσια εικόνα του πατέρα Αντώνιου και τα οποία «είχαν καταστήσει την Κιβωτό του Κόσμου ουσιαστικά υπεράνω κριτικής ή ελέγχου από τους αρμόδιους φορείς της Πολιτείας».
Πολλά σοβαρά προβλήματα που διαπίστωσε ο Συνήγορος του Πολίτη δεν αποτυπώνονται στις εκθέσεις ελέγχου των αρμοδίων κοινωνικών συμβούλων, οι οποίες περιορίζονται σε καταγραφή στοιχείων για τη νομική μορφή, την αδειοδότηση, τη στελέχωση και τις κτιριακές εγκαταστάσεις των δομών, χωρίς αναφορά στην ποιότητα της παρεχόμενης φροντίδας ή στα δικαιώματα των φιλοξενούμενων παιδιών, μολονότι σε κάποιες από αυτές μνημονεύεται η αδυναμία διενέργειας ουσιαστικού ελέγχου στους τομείς αυτούς, καθώς υπήρχε απουσία θεσμικού πλαισίου για την λειτουργία των μονάδων παιδικής προστασίας, όπως αναφέρεται χαρακτηριστικά.
Τέλος, το πόρισμα καταλήγει σε συγκεκριμένες προτάσεις προς το αρμόδιο υπουργείο που έχουν να κάνουν με το θεσμικό πλαίσιο λειτουργίας των Μονάδων Παιδικής Προστασίας και Φροντίδας, με την ενίσχυση των μηχανισμών εποπτείας και ελέγχου και με την ενημέρωση και έκφραση της γνώμης των παιδιών για θέματα που τα αφορούν.
